Recherches

L'unité de Phylogénomique des Eucaryotes se concentre sur la reconstruction à grande échelle des relations évolutives entre les êtres vivants sur base des génomes complets et des données transcriptomiques obtenues par séquençage à haut débit. Notre principal sujet de recherche concerne l'origine et l'évolution de la respiration et de la photosynthèse chez les eucaryotes, mais nous nous intéressons également à l'évolution des bactéries et des eucaryotes en général. A cette fin, nous utilisons des techniques phylogénétiques sophistiquées (par exemple, l'inférence bayésienne) qui sont très exigeantes en ressources informatiques. Notre laboratoire développe aussi des approches plus méthodologiques, comme l'étude de l'impact de différents paramètres sur l'inférence phylogénétique à partir de données génomiques (par exemple, échantillonnage en espèces, choix du modèle statistique d'évolution des séquences). Au-delà des relations spécifiques résultant du processus évolutif, nous cherchons aussi à comprendre les mécanismes en jeu, qu'ils soient évolutifs ou écologiques, notamment par la surveillance de la biodiversité actuelle et par la caractérisation de la dynamique de communautés d'algues confrontées à leur environnement. Enfin, une fraction non négligeable de notre effort de recherche est consacrée à la conception, la programmation, le déploiement et l'évaluation des outils logiciels nécessaires pour réaliser nos projets.

Origine et évolution de la respiration et de la photosynthèse

• Etude phylogénomique des mécanismes évolutifs à l'origine des algues complexes rouges (Denis Baurain)
• Etude des contributions relatives de l'endosymbiose et de la kleptoplastie dans l'évolution des algues complexes par classification automatique d'arbres phylogénétiques simples gènes inférés à partir de données transcriptomiques publiques (Denis Baurain), (Mick Van Vlierberghe)
• Analyses biochimiques, protéomiques et transcriptomiques du métabolisme énergétique chez l'algue secondaire verte Euglena gracilis (Euglenozoa, Excavata) (Emilie Perez)
• Vers une datation moléculaire calibrée de l'origine cyanobactérienne du chloroplaste (Luc Cornet)

Evolution des bactéries et des eucaryotes

• La simplicité est la sophistication suprême – Le noyau eucaryote : innovation ou vestige d'un monde perdu ? (Richard Gouy)
• Développement d'un scénario intégré de l'évolution de la paroi bactérienne (Raphaël Léonard)
• Nouvelles approches bioinformatiques pour la découverte de peptides d'origine non ribosomique chez les eucaryotes (Loïc Meunier)

Dynamique des producteurs primaires benthiques et de leur habitat

• Distribution et dynamique de population des macroalgues Codium elisabethae et Codium bursa en Mediterranée occidentale et Macaronésie (Damien Sirjacobs)
• Evolution (1970–présent) des communautés de macroalgues à l'échelle de la baie de Calvi (Corse, France) avec une attention particulière dédiée aux genres Cystoseira et Caulerpa (Damien Sirjacobs)

Equipement

Notre laboratoire gère la grille de calcul de PhytoSYSTEMS (nommée durandal).

Software disponibles

Software

Activités

Le Printemps des Sciences :

Les bons moments du labo :