Présentation personnelle
Je possède un parcours quelque peu atypique, dans le sens où j’ai effectué d’abord un Master 1 et 2 en médiation scientifique à l’Université d’Aix-Marseille (France), avant de poursuivre ma formation par un Master 1 et 2 en Biologie des Organismes et Ecologie à l’Université de Liège (Belgique). J’ai également intégré pendant un an une classe de préparation au concours du CAPES et de l’Agrégation en Sciences de la Vie, de la Terre et de l’Univers. Ces formations m’ont apporté un éventail large de culture, tant sur le plan biologique que géologique. A l’origine, je suis plutôt orienté paléontologie, mais depuis je me suis reconverti aux approches génétiques et phylogénomiques.

Paléobiologiste au sens large, mon but est de raconter l’histoire de la Vie sur Terre.

Sujet de recherche
A la fin des années 1970, Woese découvre les archées, mettant fin à la vision dichotomique du Vivant eucaryote/procaryote. Cette « Révolution woesienne » démontre que le Vivant est divisé en trois domaines (bactéries, archées et eucaryotes) aux relations de parenté incertaines. De plus, la cellule eucaryote semble posséder à la fois des gènes opérationnels bactériens et des gènes informationnels archéens. L’enracinement de l’arbre du Vivant pose alors problème, plusieurs scénarios permettant d’expliquer l’origine de la cellule eucaryote. a) Les trois domaines du Vivant ont une origine indépendante et sont directement issus de la soupe prébiotique. (b) Les trois domaines dérivent d’un ancêtre commun simple, et l’évolution se serait faite par complexification chez les eucaryotes. (c) Les trois domaines dérivent d’un ancêtre commun complexe, et l’évolution se serait faite par simplification chez les procaryotes. (d) Les eucaryotes sont issus de la fusion d’une bactérie et d’une archée et apparaissent avec la mitochondrie, leurs autres caractéristiques évoluant après cet événement. (e) Les eucaryotes sont issus de la fusion d’une bactérie et d’une archée et apparaissent avant la mitochondrie. Ainsi, l’objectif de ce projet de doctorat est de proposer un scénario cohérent de l’origine de la cellule eucaryote qui tiendra compte de la position de la racine de l’arbre du Vivant, de la possible paraphylie des archées, de la phylogénie interne de chaque domaine et qui satisfera les contraintes temporelles associées à l’apparition des différentes lignées d’organismes. Concrètement, il mêlera expériences de phylogénomiques et recherches bibliographiques très poussées : localisation de la racine de l’arbre du Vivant par analyse phylogénétique concaténée de paires de gènes paralogues universels, phylogénies internes de chaque domaine sur base de plusieurs concaténations de gènes orthologues (semi-)universels, suivie de la datation moléculaire relative des domaines et lignées.

Principaux thèmes de recherche : Nature de LUCA (The Last Universal Common Ancestor), racine de l’Arbre Universel du Vivant, origine et Evolution de la cellule eucaryote.
Autres intérêts : Origine et phylogénie des métazoaires, origines et évolution des mammifères, dinosaures.

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