durandal

Depuis la mi-2013, nous disposons d'une grille de calcul (nommée durandal) conçue pour l'assemblage de données NGS, la génomique comparative et fonctionnelle, la phylogénomique, l'analyse d'image, la modélisation environnementale et la biologie des systèmes. Il s'agit d'un système IBM/Lenovo Flex (vendu par NSI) composé d'un gros noeud de calcul (x440) et de neuf plus petits (x240), totalisant 196 coeurs physiques, 2 To de RAM et 58 To d'espace de stockage partagé.

Le gros noeud a 32 coeurs physiques (4 x Intel Xeon E5-4620 à 8 coeurs cadencés à 2,2 GHz) et 512 Go de RAM, tandis que quatre des petits noeuds ont chacun 16 coeurs physiques (2 x Intel Xeon E5-2670 à 8 coeurs cadencés à 2,6 GHz) et 128 Go de RAM. Deux petits noeuds supplémentaires ont été installés durant l'été 2015, chacun disposant de 20 coeurs physiques (2 x Intel Xeon E5-2670 v2 à 8 coeurs cadencés à 2,5 GHz) et de 176 ou 384 Go de RAM. Ce dernier petit noeud est en outre équipé d'un accélérateur GPU (NVIDIA Tesla K40 à 2880 CUDA coeurs et 12 Go de RAM). Enfin, trois nouveaux petits noeuds ont été installés à la rentrée 2016, chacun disposant de 20 coeurs physiques (2 x Intel Xeon E5-2640 v4 à 10 coeurs cadencés à 2,4 GHz) et de 160 Go de RAM.

Les dix noeuds sont interconnectés par une connexion rapide (10 Gb) basée sur de la fibre optique. Les autres caractéristiques de durandal incluent deux sous-systèmes de stockage de masse, respectivement composés de petits disques rapides (8 To utilisables en RAID5) et de gros disques plus lents (50 To utilisables en RAID5), ainsi que des alimentations électriques redondantes dédoublées par une batterie de grande capacité (5600 W) en cas de coupure de courant. La grille est située dans une salle climatisée prévue à cet effet et sécurisée par des systèmes de surveillance, notamment anti-intrusion.

Le système d'exploitation de durandal est CentOS 6.6. Une importante série de logiciels bioinformatiques sont pré-installés et accessibles au travers d'un gestionnaire de soumission de tâches (Open Grid Engine). Une fois connectés au système, les utilisateurs ont en fait accès à 392 coeurs logiques, grâce à la technologie Hyper-Threading.

traxusIV

Dans une salle distincte, nous disposons également d'une seconde machine (un Dell PowerEdge T620 nommé traxusIV) dédié à la sécurité des données. Celle-ci offre 29 To (RAID6) d'espace de stockage et est équipée d'alimentations électriques redondantes elles aussi dédoublées par une batterie (1000 W). Un logiciel libre spécialisé (BackupPC) effectue la sauvegarde de nos stations de travail (et ordinateurs portables) chaque nuit (ou jour).

Financement

Ensemble, durandal et traxusIV valent 160 kEUR. Tous deux ont été acquis et étendus via une série de crédits obtenus par Denis Baurain, Marc Hanikenne, Patrick Meyer, Pierre Cardol, Claire Périlleux, Annick Wilmotte, Sébastien Rigali et InBioS-PhytoSYSTEMS en tant que collectif. Parmi ceux-ci, citons trois crédits de l'Université de Liège, "Fonds spéciaux pour la recherche" : "Crédit de démarrage 2012" (SFRD-12/03 et SFRD-12/04) et "Crédits classiques 2014" (C-14/73), et deux crédits du FRS-F.N.R.S. belge : "Crédit de recherche 2014" (J.0080.15 et J.0148.15). Le projet a été initié par Denis Baurain et mis en oeuvre par Damien Sirjacobs, qui en est aussi l'administrateur-système.

Accès

La grille de calcul est gérée par l'Unité de Phylogénomique des Eucaryotes. Les membres d'InBioS-PhytoSYSTEMS intéressés par le calcul intensif ou désireux de profiter du mécanisme de sauvegarde automatique pour leur station de travail (ou ordinateur portable) sont encouragés à prendre contact avec Denis Baurain ou Damien Sirjacobs.